I Quest for El Dorado er I ekspeditionsledere, der forsøger at komme hen til den sagnomspundne, legendariske og gyldne by, El Dorado. Men vejen derhen er fyldt med farer og utilregneligt terræn – den sydamerikanske jungle er ikke for sarte sjæle. 

Spillerne sammensætter hver deres hold af opdagelsesrejsende, der besidder vidt forskellige evner, og kan hjælpe dig igennem junglen på forskellige måder. Det første hold, der betræder den gyldne by, tager al æren for at have fundet den, og beholder alle dens legendariske rigdomme.